События игры происходят в 1191 году, когда третий крестовый поход превратился в личную ссору предводителей христианского и мусульманского миров. После захвата порта Акра, Ричард Львиное Сердце готовится нанести Саладину окончательное поражение в Иерусалиме. Прекратить кровавую войну может только устранение всех, кому она выгодна. За ето задание берётся Альтаир, потому что это единственный шанс вернуть потерянное положение в иерархии братства.